18世纪,蒙医理论得到进一步发展,更加系统和丰富。在这一过程中贡献最大的首推松巴堪布•益西巴勒珠尔(或译益西班觉)。这位出身卫拉特贵族后裔的蒙古族大学问家在许多领域都很有建树,在蒙医学方面更是卓然超群。他在深入研究藏医经典《四部医典》和印度医学《医经八支》的基础上,结合传统的蒙医学和临床实践,撰写了重要的蒙医学著作《四部甘露》和《认药白晶鉴》,除蒙医理论外,他的著作还详细地论述了蒙医的临床、术疗、方剂、药物和泡制等各方面理论。对不同民族、不同地区的医学遗产的吸收和借鉴也有力促进了蒙医学的发展。
  伊西丹津旺济拉(1853-1906)曾致力于学习和研究俄罗斯医学、布里亚特医学、汉族医学和西藏医学的有关成果,著有《珊瑚验方》,成为在内外蒙古地区具有广泛影响的蒙医临床文献。
  方剂学方面,有大批文献问世。较著名的有《方海》(又称《蒙医金匮》),占巴拉著,藏文本。收有1700余单方,2000余配方。《各种重要药方》,官布扎布著,蒙文本。所收验方分102个专题。《普济杂方》,高世格著于1872年,蒙文本。该书所收单方和验方均以蒙汉藏满四种文字合璧对照写成。
  诊断学方面,传统的脉诊学又有发展。罗布僧苏勒合木著有《蒙医制剂和脉诊》,又称《脉诊概要》,重点论述了脉诊学原理。伊西巴勒珠尔对脉诊学也做了研究。此外还出现了方便实用的《脉诀》《号脉便览》一类的著作。
  药物学的研究不断深入。除伊西巴勒珠尔的《认药白晶鉴》外,罗布僧苏勒合木的藏文著作《本草分类》和占巴拉多尔济的《蒙药正典》也都较有影响。其中《蒙药正典》收入药物879种,附有插图576幅。蒙药的分类和著录也越来越详细,包括了药物的产地、特征、功能、采集、泡制、服用各方面。


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